清朝晚期，日本一直窥探中国这块肥肉，并悄悄地在各个地区安插了不少间谍，其间谍机关的总部设在北京，总头目是青木宣纯。青木1884年奉命到中国进行谍报活动，化名广濑次郎。他先在广东活动三年，后调到北京收集情报，并绘制了精密的北京郊区地图。这是日本第一次得到北京郊区图。在上海，日本间谍藤岛武彦化装成和尚，刺探福建舰队的军情，并绘制地图。藤岛在镇海被抓获处死。

在这一系列日本间谍中，最诡计多端的是在天津的神尾光臣。甲午战争前夕，大本营给神尾光臣一个特殊任务，除了搞绝密情报外，还要发回一些中国正积极备战的假消息，激起日本国民的战争情绪。神尾光臣心领神会，歪曲事实不断发回中国准备对日开战的假情报，致使1894年7月12日，日本内阁以"中国在平壤集结大军，欲与日本一战"为由，向中国发出第二份绝交书。清政府被迫排兵布阵，准备战事。

1894年8月1日，中日正式宣战。日本驻天津领事馆撤走后，间谍宗方小太郎将自己伪装成中国老百姓，来往于威海、旅顺之间，窥探中国海军的情报。他在威海得知北洋舰队的出发时间，立即电告了上海谍报机关。日军大本营即派日本联合舰队出发。18日，中日两支舰队相遇，震惊世界的"黄海海战"爆发。由于敌我力量悬殊，北洋舰队惨遭重创，损失五舰，死伤八百余人。至此北洋舰队更是畏缩不出，日本夺得制海权。不久宗方小太郎被召回日本，他穿着中国服，接受天皇的召见。陆军大将本庄繁评价宗方说："日清战争之时，他密行威海卫军港，详细侦察敌情，对君国做出极大贡献。"

1886年春，日本陆军参谋本部派荒尾精秘密潜到中国刺探情报。此时日本间谍愈加疯狂。他们将在中国各地搜集的情报分门别类整理，编纂成三大册两千多页的《清国通商综览》。这是一部有关中国的百科全书，这部书为日本军政当局侵华提供了大量的第一手资料。